Nutanix offre une sécurité complète avec un chiffrement validé par FIPS, une microsegmentation et un alignement sur une architecture « Zero Trust ». La plateforme conserve le statut FedRAMP-ready, les certifications Common Criteria et PCI-DSS. Il comprend des STIG préconfigurés, une remédiation automatisée de la conformité et une gestion centralisée des politiques pour les déploiements sur site, edge et hybrides, prenant en charge les réglementations FISMA, HIPAA et sur la confidentialité des données.